Il coro ligneo interno delle monache, ristrutturato su disegno di un certo architetto Sisti nel 1688 ha nel prospetto tre arcate con gradinata centrale, realizzate nel 1732-1733 con l'elemosina di duecento scudi mandata appositamente dal Papa clemente XII.  Al di sotto, l'urna di Santa Chiara e i suoi cimeli già osservati dalla parte della chiesa. Sotto l'arcata destra affreschi del secolo XV: una Santa Lucia e l'impressione della croce nel cuore di Santa Chiara. Sopra l'arcata centrale una tela con Sant' Agostino, firmata dal pittore romano Michelangelo Cerruti e datata 1726. Nel corridoio sopra le tre arcate, non visibile, una bella immagine di Santa Chiara, attribuita al pittore fiorentino Benozzo Gozzoli (1452). 

Nel coro la Comunità prega e si ritrova ad ore stabilite per la Liturgia delle Ore. "Nel luogo della preghiera non fate altro se non ciò per cui esso è stato destinato"(Regola n. 11); "Dedicatevi con sollecita assiduità alla preghiera risputando quanto stabilito circa l'orario e la durata" (Regola n. 10); "Quando pregate con i salmi o con Inni, meditate nel cuore quanto dite con le labbra"(Regola n. 12).